Cela fait quelques années déjà que la République à reprit le dessus sur l'Empire, gagnant de grandes batailles et causant de graves dommages chez leurs ennemis de toujours. Les Sith, alors alliés de l'Empire se sont vu eux aussi gravement disséminés à travers la Galaxie par les Jedi. Ainsi, l'Empire et les Sith se sont vu contraint de se faire oublier durant de nombreuses années pendant que la République reprenait le contrôle de la Galaxie afin de réinstaller une nouvelle ère de paix. Dans leur reconstruction, la République trouva de nouveaux alliés, les membres de l'Eglise de la Perception Infinie. Ce groupe à pour but d'intégrer la République et de devenir des alliés de poids, bien plus important que les Jedi. Les membres de l'Eglise sont des anciens Jedi ayant choisi de tourner le dos à la Force et préfèrent la voix de la technologie qui est beaucoup plus sure.

Alors que la République gagne un nouvel allié, elle perd petit à petit sa grande influence sur les Jedi. En effet les gardiens de la paix dans la Galaxie ont décidés de se faire un peu plus discrets et d'éviter tout futurs conflits, ainsi, ils se veulent neutres. Quittant alors leur ancien temple Jedi sur Coruscant, ils décidèrent de s'installer sur la jolie planète de Naboo afin d'être un peu plus à l'écart des conflits et mener une existence un peu plus isolationniste et pacifiste.

Cependant, dans l'ombre, des choses se trament. Les Sith se disputent le pouvoir et de nombreux meurtres sont commit. Au final, un nouveau Seigneur Noir des Sith prend le pouvoir, dominant les autres par la puissance : Kabrox Tek'nak. Son grand respect pour le Code Sith le pousse donc à vouloir anéantir les Jedi, ce qui laisse supposer une nouvelle guerre entre ces deux camps, ennemis à jamais.

Dans l'Empire, les choses bougent également. Grâce à un putsch, Liam D. Kuran est parvenu au poste ultime d'Empereur. Voulant alors reprendre ses droits sur la Galaxie, il s'empresse de déclarer la guerre à la République. Cependant, cette dernière ne le prend pas réellement au sérieux car son Empire semble affaiblit et ne représente pas une menace, surtout que la République travaille toujours pour restaurer une image de paix à travers la Galaxie. Toutefois, l'Empire s'est reconstruit et à fondé sa nouvelle base sur Kuat. Les chantiers orbitaux se sont remit en marche pour construire une nouvelle flotte plus puissante que la précédente.


Entre jeu de pouvoirs, esprit de revanche et colère de certains, la Galaxie commence à être sous tension. Tout le monde sait qu'une guerre se prépare mais personne ne sait quand elle va exploser …